東京、大阪、京都相繼發生殺人事件5名死者皆是被頭戴面具的黑影人用武士刀和弓箭瞬間殺害警方介入調查發現死者都是出沒于3地專門偷竊有名的佛像及美術品的偷盜集團“源氏螢”成員該集團共有成員8名以義經的家臣名字互相稱呼且都持有一本《義經記》被害5人手中的《義經記》均被拿走　　這日京都古寺山能寺收到奇怪書信說若能解開信中所附的畫謎便能找到8年前被竊的如來佛像柯南、小蘭隨毛利小五郎來到該寺均對畫謎一籌莫展5名被殺者之一曾對與新一不相上下的大阪高中生服部平次照料有加服部也來到京都對案件秘密展開調查并借機找尋自己的初戀情人柯南與服部相遇聯手調查時發現有人想置服部于死地緊接“源氏螢”另一成員被害而這一切似乎又都與畫謎有關