14年前初號機疑似神化第一形態的覺醒帶來近三沖擊使世界發生前所未有的巨變在此之后葛城美里（三石琴乃 配音）等NERV舊部出走成立了反抗seele和NERV的WilleWille授命明日香（宮村優子 配音）和真里（坂本真綾 配音）奪回被封印在衛星軌道上的初號機和碇真嗣（緒方惠美 配音）但絕對禁止真嗣登上初號機感受到周遭的敵意懵懂的真嗣跟隨綾波麗（林原惠美 配音）登上突然入侵的九號機返回了千瘡百孔的NERV總部在這里他意外重逢朝思夜想的綾波還從父親那里得知自己將和美少年渚薰（石田彰 配音）共同駕駛十三號機長達14年的空白期間的滄桑巨變和情感糾葛讓真嗣不知所措而看似溫柔的渚薰為他揭開了種種難以置信的真相…… 　　本片為EVA新劇場版四部曲的第三部